Memuat detail…
Setelah makhluk asing bernama Gauna menghancurkan Bumi, sisa manusia melarikan diri ke luar angkasa dengan kapal raksasa Sidonia. Kapal ini telah mengarungi antariksa selama ribuan tahun. Setelah satu abad hidup tenang, Sidonia kembali diserang oleh Gauna dan menghadapi ancaman kepunahan. Kemenangan sementara akhirnya dapat diraih berkat perjuangan hibrida manusia-Gauna bernama Tsumugi Shiraui serta pilot robot Guardian, Nagate Tanikaze.